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                  科學家構建小麥基因定位與基因組研究平臺

                  【字體:

                    近日,中國農業科學院作物科學研究所小麥基因資源發掘與利用創新團隊牽頭構建了小麥基因定位與基因組研究平臺——WheatGmap(https://www.wheatgmap.org),為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數據利用、分析和共享平臺。相關研究成果在線發表于《分子植物(Molecular Plant)》。

                    據孔秀英研究員介紹,集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標基因的方法,由于具有高效、低成本的優點被廣泛應用。然而,對于缺乏生物信息學背景的研究者來說,深度分析高通量測序獲得的數據、正確選擇最優算法、有效利用已公布的海量數據成為當前應用集群分離分析方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。因此,研發一個界面友好、易操作的專業性數據處理平臺將對推動小麥研究有重要應用意義。

                    該平臺目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數據,包括全基因組測序(WGS)、外顯子組測序(WES)和轉錄組測序(RNA-seq)數據。為了方便用戶利用這些資源,網站整合了SNP-index、Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四種集群分離分析模型。此外,網站集成了序列比對、基因注釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。研究人員以黃綠突變體 ygl1 基因的快速定位和克隆為例介紹了群體構建、數據在線分析、候選基因篩選等流程。WheatGmap為小麥研究者提供了一個界面友好、易操作的小麥基因定位與基因組研究平臺,整合了多種基于集群分離分析定位的模型和大量的數據,可以幫助科研工作者利用集群分離分析方法進行小麥基因定位、克隆與功能研究,也可以共享測序數據及表型數據。同時,隨著泛基因組時代的來臨,后續還會對平臺進行數據更新與升級,使其功能變得更強大。

                    

                    WheatGmap頁面

                    該研究得到國家重點研發計劃、中國農科院科技創新工程和國家自然科學基金等支持。(通訊員 衛斐)

                    原文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.11.018 

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